Tính coverage
Giờ là lúc bạn mở rộng các read đến độ dài đoạn (fragment) trung bình để có ước tính coverage tốt hơn. Việc mở rộng read cho phép bạn gộp các read từ hai đầu của một fragment thành một đỉnh coverage duy nhất, giúp phân biệt đỉnh thật với nhiễu nền.
Tệp BAM cho mẫu GSM1598218 dùng trong bài này đã được nạp sẵn. Độ dài fragment trung bình của mẫu này là 183 bp. Các read được cung cấp dưới dạng một đối tượng GRanges có tên reads_gr.
Có thể mất ít thời gian để tải tất cả dữ liệu và gói R cần thiết cho bài tập này. Vui lòng kiên nhẫn.
Bài tập này là một phần của khóa học
ChIP-seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Mở rộng các read đến độ dài fragment trung bình.
- Tính coverage của fragment.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)
# Compute coverage
cover <- ___(___)