Biểu đồ volcano
Biểu đồ volcano thể hiện mối quan hệ giữa khác biệt giữa các nhóm (biểu diễn bằng log fold change) và các p-value của phép kiểm định so sánh cường độ peak. Điều này giúp bạn có cái nhìn tổng quan về các kết quả có ý nghĩa thống kê và kích thước hiệu ứng của chúng. DiffBind cung cấp hàm dba.plotVolcano() để tạo các biểu đồ này.
Đối tượng ar_diff chứa kết quả của phân tích liên kết khác biệt.
Bài tập này là một phần của khóa học
ChIP-seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Tạo một biểu đồ volcano.
- Xem xét biểu đồ. Các kết quả có ý nghĩa thống kê nằm ở đâu?
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Create a volcano plot
___(ar_diff)