1. 学ぶ
    2. /
  2. コース
    3. /
  3. ChIP-seq với Bioconductor trong R
Connected

演習

Bản đồ nhiệt

Trước khi đi tiếp vào chi tiết của quy trình ChIP-seq ở chương sau, bạn có cơ hội xem trước một số kết quả phân tích.

Trong bài tập này, bạn sẽ xem cách trực quan hóa sự khác biệt giữa các mẫu bằng bản đồ nhiệt. Dữ liệu đã được nạp sẵn và định dạng sẵn để có thể vẽ bằng hàm heatmap().

Ma trận tương quan giữa các mẫu có sẵn dưới tên sample_cor và số lượt đọc đã chuẩn hóa cho mỗi peak được lưu trong đối tượng read_counts. Ở cả hai trường hợp, hai mẫu đầu tiên đến từ khối u nguyên phát, hai mẫu cuối là kháng điều trị.

Bạn có thể truyền một vector nhãn nhóm vào các đối số ColSideColors và RowSideColors trong hàm heatmap() để làm nổi bật các mẫu thuộc cùng một nhóm.

指示

100 XP
  • Tạo một vector tên màu để dùng gán nhãn nhóm trên biểu đồ.
  • Vẽ ma trận tương quan mẫu sample_cor dưới dạng bản đồ nhiệt.
  • Tạo bản đồ nhiệt cho số lượt đọc tại các peak.