1. Learn
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. ChIP-seq với Bioconductor trong R
Connected

Exercise

Quan sát kỹ hơn các pathway

Trong bài tập này, bạn sẽ dựng một URL liên kết tới một pathway được xác định bởi phân tích làm giàu và làm nổi bật các gene có đỉnh ChIP-seq. Cách này giúp bạn có cái nhìn tổng quan về cách các gene — chính xác hơn là các protein do chúng mã hóa — tương tác với nhau và với các protein khác. Khi có thêm kinh nghiệm, bạn có thể nhanh chóng suy ra các cơ chế tiềm năng có thể giải thích sự khác biệt giữa các nhóm trong nghiên cứu.

Định dạng chung của các URL này là: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>

Bạn sẽ tạo URL để hiển thị pathway đứng đầu từ phân tích làm giàu, đồng thời làm nổi bật các gene liên quan đến các đỉnh. Các đối tượng top_path và genes mà bạn đã tạo trước đó đã sẵn sàng trong workspace cho bạn sử dụng.

Instructions

100 XP
  • Thêm pathway ID vào URL.
  • Gộp các ID của những gene trong pathway có liên quan đến các đỉnh thành một chuỗi duy nhất, phân tách bằng '+'.
  • Thêm chuỗi chọn gene vào URL.