Quan sát kỹ hơn các pathway
Trong bài tập này, bạn sẽ dựng một URL liên kết tới một pathway được xác định bởi phân tích làm giàu và làm nổi bật các gene có đỉnh ChIP-seq. Cách này giúp bạn có cái nhìn tổng quan về cách các gene — chính xác hơn là các protein do chúng mã hóa — tương tác với nhau và với các protein khác. Khi có thêm kinh nghiệm, bạn có thể nhanh chóng suy ra các cơ chế tiềm năng có thể giải thích sự khác biệt giữa các nhóm trong nghiên cứu.
Định dạng chung của các URL này là: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
Bạn sẽ tạo URL để hiển thị pathway đứng đầu từ phân tích làm giàu, đồng thời làm nổi bật các gene liên quan đến các đỉnh. Các đối tượng top_path và genes mà bạn đã tạo trước đó đã sẵn sàng trong workspace cho bạn sử dụng.
Bài tập này là một phần của khóa học
ChIP-seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Thêm pathway ID vào URL.
- Gộp các ID của những gene trong pathway có liên quan đến các đỉnh thành một chuỗi duy nhất, phân tách bằng
'+'. - Thêm chuỗi chọn gene vào URL.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")