1. सीखें
    2. /
  2. पाठ्यक्रम
    3. /
  3. ChIP-seq với Bioconductor trong R
Connected

अभ्यास

Trực quan hóa khác biệt trong liên kết protein

Cả biểu đồ PCA và cây phân cụm đều cho thấy các mẫu từ khối u nguyên phát và khối u kháng điều trị mỗi nhóm lại thành một cụm. Điều này khá hứa hẹn nhưng chưa cho bạn biết nhiều về hình dạng khác biệt cụ thể. Trong bài tập này, bạn sẽ tạo một heatmap so sánh cường độ peak giữa các mẫu. Cách này có thể làm nổi bật các mẫu hình liên kết protein giúp phân biệt các nhóm mẫu.

Tập peak đã được hợp nhất trên các mẫu có trong peaks. Để tạo heatmap từ đó, bạn cần biết có bao nhiêu peak trong bộ dữ liệu. Thông tin chi tiết về tập peak đã gộp có trong mục merged của peaks.

निर्देश

100 XP
  • In peaks object.
  • Lấy toạ độ của các peak đã gộp.
  • Trích số lượng peak có trong dữ liệu.
  • Tạo heatmap bằng hàm dba.plotHeatmap.