1. Học hỏi
    2. /
  2. Khoa Học
    3. /
  3. ChIP-seq với Bioconductor trong R
Connected

Bài tập

Đọc tệp BAM

Bắt đầu nhé: bạn sẽ đọc các read đã được mapping từ một tệp BAM vào R. Các tệp này lưu thông tin căn chỉnh giữa các chuỗi read và bộ gen tham chiếu ở định dạng nhị phân nén. Nạp dữ liệu từ tệp BAM là tác vụ phổ biến khi phân tích dữ liệu bộ gen.

Trong bài này, trước hết bạn sẽ nạp tất cả read từ một tệp BAM. Cách này đơn giản nhưng có thể tốn nhiều bộ nhớ, vì vậy ở phần thứ hai, bạn sẽ học cách chỉ nạp các read trong một vùng quan tâm.

Hướng dẫn

100 XP
  • Nạp các read từ tệp chr20_bam bằng hàm readGAlignments().
  • Tạo một đối tượng BamViews cho chr20_bam bao phủ vùng 29805000 - 29820000 trên nhiễm sắc thể 20.
  • Dùng lại readGAlignments() để chỉ nạp các read trong view đó.
  • Khám phá đối tượng reads_sub bằng str().