Đọc tệp BAM
Bắt đầu nhé: bạn sẽ đọc các read đã được mapping từ một tệp BAM vào R. Các tệp này lưu thông tin căn chỉnh giữa các chuỗi read và bộ gen tham chiếu ở định dạng nhị phân nén. Nạp dữ liệu từ tệp BAM là tác vụ phổ biến khi phân tích dữ liệu bộ gen.
Trong bài này, trước hết bạn sẽ nạp tất cả read từ một tệp BAM. Cách này đơn giản nhưng có thể tốn nhiều bộ nhớ, vì vậy ở phần thứ hai, bạn sẽ học cách chỉ nạp các read trong một vùng quan tâm.
Bài tập này là một phần của khóa học
ChIP-seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Nạp các read từ tệp chr20_bam bằng hàm
readGAlignments(). - Tạo một đối tượng
BamViewscho chr20_bam bao phủ vùng 29805000 - 29820000 trên nhiễm sắc thể 20. - Dùng lại
readGAlignments()để chỉ nạp các read trong view đó. - Khám phá đối tượng
reads_subbằngstr().
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)
# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))
# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)
# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)