1. Lära sig
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. ChIP-seq với Bioconductor trong R
Connected

exercise

Tìm các chủ đề chung

Gói chipenrich cung cấp hàm chipenrich() để xác định các nhóm gene có tần suất gắn với các đỉnh ChIP-seq cao hơn so với kỳ vọng do ngẫu nhiên. Để làm được điều này, điều quan trọng là phải quyết định cách nhóm các gene lại với nhau. Trong bài tập này, bạn sẽ xem các bộ gene Hallmark được định nghĩa tại Broad Institute.

Thông thường, bạn sẽ muốn giới hạn phân tích ở các đỉnh có liên kết khác biệt để nhấn mạnh các quá trình phân tử phân biệt hai nhóm mẫu. Do kích thước mẫu nhỏ của bộ dữ liệu hiện có, bạn sẽ chỉ xem các đỉnh có tín hiệu mạnh hơn trong các mẫu khối u kháng điều trị.

Instruktioner

100 XP
  • Chọn tất cả các đỉnh có cường độ cao hơn ở các mẫu kháng điều trị so với các mẫu khối u nguyên phát.
  • Chạy phân tích làm giàu.
  • In kết quả phân tích.