Sử dụng Annotation
Trong bài tập này, bạn sẽ dùng tọa độ gene lấy từ gói TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene. Gói này cung cấp tọa độ của tất cả các gene người đã biết. Một đối tượng GRanges chứa tọa độ và ID duy nhất cho các gene trên nhiễm sắc thể 20 đã được nạp sẵn cho bạn với tên human_genes.
Mặc dù các ID này hữu ích để định danh gene, chúng không dễ hiểu. Sẽ hữu ích nếu bổ sung thêm gene symbol thân thiện hơn với người đọc. Bạn có thể làm điều này với sự hỗ trợ của gói org.Hs.eg.db, gói cung cấp ánh xạ giữa các hệ thống định danh gene khác nhau. Hàm select() cho phép bạn lấy gene symbol, được lưu trong cột SYMBOL, cho mỗi ID. Sau khi trích xuất thông tin này, bạn có thể thêm nó vào bảng vị trí gene.
Bài tập này là một phần của khóa học
ChIP-seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Lấy gene symbol từ cột
SYMBOLcủa org.Hs.eg.db. - Kiểm tra cấu trúc của các annotation trả về.
- Thêm gene symbol vào
human_genes. - Kiểm tra kết quả.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Obtain gene symbols
gene_symbol <- ___(org.Hs.eg.db, keys=human_genes$gene_id, columns="SYMBOL", keytype="ENTREZID")
# Examine the structure of the returned annotations
str(___)
# Add gene symbols to gene coordinates
human_genes$symbol <- ___
# Examine output
print(human_genes)