1. Învăţa
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. ChIP-seq với Bioconductor trong R
Connected

exercise

Sử dụng Annotation

Trong bài tập này, bạn sẽ dùng tọa độ gene lấy từ gói TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene. Gói này cung cấp tọa độ của tất cả các gene người đã biết. Một đối tượng GRanges chứa tọa độ và ID duy nhất cho các gene trên nhiễm sắc thể 20 đã được nạp sẵn cho bạn với tên human_genes.

Mặc dù các ID này hữu ích để định danh gene, chúng không dễ hiểu. Sẽ hữu ích nếu bổ sung thêm gene symbol thân thiện hơn với người đọc. Bạn có thể làm điều này với sự hỗ trợ của gói org.Hs.eg.db, gói cung cấp ánh xạ giữa các hệ thống định danh gene khác nhau. Hàm select() cho phép bạn lấy gene symbol, được lưu trong cột SYMBOL, cho mỗi ID. Sau khi trích xuất thông tin này, bạn có thể thêm nó vào bảng vị trí gene.

Instrucţiuni

100 XP
  • Lấy gene symbol từ cột SYMBOL của org.Hs.eg.db.
  • Kiểm tra cấu trúc của các annotation trả về.
  • Thêm gene symbol vào human_genes.
  • Kiểm tra kết quả.