1. Học hỏi
    2. /
  2. Khoa Học
    3. /
  3. ChIP-seq với Bioconductor trong R
Connected

Bài tập

Chú giải peaks

Ở các bài trước, bạn đã tạo một bảng chứa các peak đã gộp từ mọi mẫu (có sẵn dưới tên peaks_merged) và một bảng chứa chú giải gene (có sẵn dưới tên human_genes). Giờ là lúc kết hợp thông tin từ cả hai bảng bằng hàm annoPeaks() do gói ChIPpeakAnno cung cấp. Với mỗi peak đủ gần vị trí bắt đầu của một gene (được xác định bởi đối số bindingRegion), hàm này sẽ trả về thông tin chi tiết về gene tương ứng trong một data frame. Thông tin này bao gồm một cột insideFeature cho biết vị trí của peak so với gene.

Hướng dẫn

100 XP
  • Chú giải các peak với gene gần nhất.
  • Xác định số lượng peak đã được chú giải với gene.
  • Tạo một bảng tóm tắt cho biết vị trí của các peak so với gene.