Phân cụm mẫu
Một cách khác để xem xét mức độ tương đồng giữa các mẫu là phân cụm phân cấp. Quy trình này gồm hai giai đoạn. Trước tiên, bạn sẽ tính khoảng cách giữa các mẫu dựa trên (độ phủ đã chuẩn hóa) của các đỉnh bằng hàm dist(). Sau đó, bạn có thể dùng các khoảng cách từng cặp này để nhóm các mẫu tương tự nhau bằng hclust(). Cách này sẽ tạo ra một cây phân cấp (dendrogram) thể hiện mối quan hệ phân cấp giữa các mẫu.
Một ma trận chứa dữ liệu độ phủ đã chuẩn hóa phù hợp có sẵn dưới dạng đối tượng R cover.
Bài tập này là một phần của khóa học
ChIP-seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Tính khoảng cách từng cặp giữa các mẫu bằng
dist(). - Dùng
hclust()để tạo cây phân cấp từ ma trận khoảng cách. - Vẽ cây phân cấp (dendrogram).
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Compute the pairwise distances between samples using `dist`
cover_dist <- ___(t(cover))
# Use `hclust()` to create a dendrogram from the distance matrix
cover_dendro <- ___(cover_dist)
# Plot the dendrogram
plot(___)