1. Lära sig
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. ChIP-seq với Bioconductor trong R
Connected

exercise

Phân cụm mẫu

Một cách khác để xem xét mức độ tương đồng giữa các mẫu là phân cụm phân cấp. Quy trình này gồm hai giai đoạn. Trước tiên, bạn sẽ tính khoảng cách giữa các mẫu dựa trên (độ phủ đã chuẩn hóa) của các đỉnh bằng hàm dist(). Sau đó, bạn có thể dùng các khoảng cách từng cặp này để nhóm các mẫu tương tự nhau bằng hclust(). Cách này sẽ tạo ra một cây phân cấp (dendrogram) thể hiện mối quan hệ phân cấp giữa các mẫu. Một ma trận chứa dữ liệu độ phủ đã chuẩn hóa phù hợp có sẵn dưới dạng đối tượng R cover.

Instruktioner

100 XP
  • Tính khoảng cách từng cặp giữa các mẫu bằng dist().
  • Dùng hclust() để tạo cây phân cấp từ ma trận khoảng cách.
  • Vẽ cây phân cấp (dendrogram).