Đọc tệp BED
Trong bài tập này, bạn sẽ nạp các peak call từ một tệp BED và dùng thông tin về vị trí peak để trích xuất các read chồng lắp với các peak từ một tệp BAM.
Bài tập này là một phần của khóa học
ChIP-seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Dùng hàm
import.bedđể nạp các peak call từ chr20_peaks. - Dùng các peak call này để tạo một đối tượng
BamViewscho chr20_bam. - Nạp các read chồng lắp với các peak call.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Load peak calls from chr20_peaks
peaks <- ___(chr20_peaks)
# Create a BamViews object
bam_views <- ___(___, bamRanges=peaks)
# Load the reads
reads <- ___(___)