BaşlayınÜcretsiz Başlayın

p-değerlerinin histogramı

İyi bir tanısal grafik, p-değerlerinin histogramıdır. Düşük p-değerlerinde yüksek yoğunluk, çok sayıda diferansiyel olarak ifade edilen gen olduğunu gösterir; buna karşılık, eşit dağılmış bir histogram çok az olduğunu gösterir. Lösemi çalışması için bir p-değeri histogramı oluştur.

Bu egzersiz

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

kursunun bir parçasıdır
Kursu Görüntüle

Egzersiz talimatları

  1. Bölümdeki lösemi çalışmasının uyumlanmış model nesnesi fit2 çalışma alanına yüklendi. limma paketi de yüklü.

  • Her gen için özet istatistikleri elde etmek üzere topTable kullan.

  • Her gen için sonuç almak için, number argümanını fit2'nin satır sayısı olacak şekilde ayarla.

  • Sonuçların anlamlılık düzeyine göre sıralanmasını kapatmak için, sort.by argümanını "none" olarak ayarla.

  • p-değerlerinin histogramını oluşturmak için hist kullan.

Uygulamalı interaktif egzersiz

Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.

# Obtain the summary statistics for every gene
stats <- ___(fit2, number = ___, sort.by = ___)

# Plot a histogram of the p-values
___(stats[, ___])
Kodu Düzenle ve Çalıştır