Toplu (batch) etkilerini görselleştir
Koku alma kök hücresi deneyinde, her birinden 4 tekrar olan 7 tedavi vardı; toplamda 28 örnek. Ancak bu 28 örnek 4 ayrı partide (batch) işlendi. Tedavilerin etkisi biyolojik olarak ilgi çekicidir, ancak partilerin etkisi teknik gürültüdür. Boyut indirgeme kullanarak, bu iki etkiden hangisinin gen ifade verisi üzerinde daha büyük bir etkisi olduğunu belirle.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi
Egzersiz talimatları
Olfaktör kök hücre verilerini içeren eset adlı ExpressionSet nesnesi çalışma alanına yüklendi.
Ana bileşenleri çizdirmek için
plotMDSkullan. Örnekleri aldıkları tedaviye göre etiketle vegene.selectiondeğerini"common"olarak ayarla.Ana bileşenleri tekrar görselleştir; bu kez örnekleri partilerine (batch) göre etiketle.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Load package
library(limma)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")