3 grup için diferansiyel ifade testi

Artık tasarım matrisini ve karşıtlık (contrasts) matrisini belirlediğine göre, diferansiyel ifade için test yapabilirsin.

Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

Kursa Göz Atın

Egzersiz talimatları

Hipoksi verilerini içeren ExpressionSet nesnesi eset, tasarım matrisi (design) ve karşıtlık matrisi (cm) çalışma alanına yüklendi.

Model katsayılarını lmFit ile uydur.
Karşıtlıkları contrasts.fit ile uydur.
t-istatistiklerini eBayes ile hesapla.
Sonuçları decideTests ile özetle.

Uygulamalı etkileşimli egzersiz

Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

Kodu Düzenle ve Çalıştır