3 grup için tasarım matrisi
Hipoksi deneyinde, kök hücreler 3 farklı oksijen düzeyine maruz bırakıldı: %1, %5 ve %21. Bu üç farklı ortamda hücresel işlevi karşılaştırmak için, her oksijen düzeyi için bir katsayı içeren bir doğrusal modeli belirtmek üzere grup-ortalamaları parametrelemesini kullan.
Bu egzersiz
R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi
kursunun bir parçasıdırEgzersiz talimatları
Hipoksi verilerini içeren ExpressionSet nesnesi eset çalışma alanına yüklendi.
model.matrixkullanarak kesişimsiz bir tasarım matrisi oluştur. Bu çalışmadaki ilgi değişkeninin (3 oksijen düzeyi) fenotip veri çerçevesininoxygensütununda olduğunu unutma.
Uygulamalı interaktif egzersiz
Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)