3 grup için karşıtlık matrisi
Üç oksijen düzeyinin her biri arasında farklı ifade edilen genleri belirlemek için 3 ikili karşıtlık tanımlaman gerekiyor.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi
Egzersiz talimatları
Hipoksi verilerini içeren eset adlı ExpressionSet nesnesi ve az önce oluşturduğun tasarım matrisi (design) çalışma alanına yüklendi.
- 3 ikili karşıtlığı tanımlamak için
makeContrastskullan. Tasarım matrisindeki sütun adlarını tırnak işareti olmadan kullanmayı unutma.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
ox21vox01 = ___ - ___,
ox21vox05 = ___ - ___,
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm