3 grup için karşıtlık matrisi

Üç oksijen düzeyinin her biri arasında farklı ifade edilen genleri belirlemek için 3 ikili karşıtlık tanımlaman gerekiyor.

Bu egzersiz

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

kursunun bir parçasıdır

Kursu Görüntüle

Egzersiz talimatları

Hipoksi verilerini içeren eset adlı ExpressionSet nesnesi ve az önce oluşturduğun tasarım matrisi (design) çalışma alanına yüklendi.

3 ikili karşıtlığı tanımlamak için makeContrasts kullan. Tasarım matrisindeki sütun adlarını tırnak işareti olmadan kullanmayı unutma.

Uygulamalı interaktif egzersiz

Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox05 = ___ - ___,
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Kodu Düzenle ve Çalıştır