Batch etkilerini kaldır
Önceki egzersizde, batch etkisinin, tedavi etkisine kıyasla varyasyon üzerinde daha büyük bir etkisi olduğunu göstermiştin. Neyse ki, koku alma kök hücresi çalışması mükemmel şekilde dengeli; yani her tedavi tüm 4 batch'in her birinde yer alıyordu. Böylece, sinyal-gürültü oranını artırmak için batch işlemenin getirdiği varyasyonu kaldırabilirsin.
Bu egzersiz
R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi
kursunun bir parçasıdırEgzersiz talimatları
Koku alma kök hücresi verilerini içeren eset adlı ExpressionSet nesnesi çalışma alanına yüklendi.
- Veriden 4 batch'in etkisini kaldırmak için
removeBatchEffectkullan. - Ana bileşenleri çizmek için
plotMDSkullan. Örnekleri aldıkları tedaviyle etiketle. - Ana bileşenleri yeniden görselleştir ve örnekleri batch'lerine göre etiketle.
Uygulamalı interaktif egzersiz
Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.
# Load package
library(limma)
# Remove the batch effect
exprs(eset) <- ___(eset, batch = ___)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)