Bir ExpressionSet nesnesiyle kutu grafiği (boxplot) oluştur
Artık tüm deneysel verileri tek bir ExpressionSet nesnesinde birleştirdiğine göre, özellikleri ve örnekleri alt kümelemek daha kolay. Bu egzersizde, yine tek bir geni görselleştirmek için bir kutu grafiği oluşturacaksın; ancak bu kez grafiğe dahil edilen örnekleri de alt kümeye ayıracaksın.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi
Egzersiz talimatları
ExpressionSet eset çalışma alanına yüklendi.
eset'i yalnızca ilk 10 örneği (sütun) içerecek şekilde alt kümele.Erişimci fonksiyonları
exprs,pDatavefDatakullanarakeset_subiçindeki 1000. genin (yani satırın) kutu grafiğini oluştur.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]
# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)
# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])