KEGG yolları

Farklılaşmış ifade sonuçlarını yorumlamayı kolaylaştırmak için yaygın bir teknik, bilinen gen setlerinde zenginleşmeyi test etmektir. KEGG veritabanı, aynı biyolojik yolda etkileştiği bilinen, özenle derlenmiş gen setleri içerir. Lösemi çalışmasındaki farklılaşmış ifade edilen genlerde hangi KEGG yolları aşırı temsil ediliyor?

Bu egzersiz

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

kursunun bir parçasıdır

Kursu Görüntüle

Egzersiz talimatları

Bölüm 2'deki lösemi çalışmasının uyarlanmış model nesnesi fit2 çalışma alanına yüklendi. limma paketi zaten yüklü.

fit2$genes veri çerçevesinden Entrez Gen Kimliklerini çıkar.
kegga ile zenginleştirilmiş KEGG yollarını test et. Türü Homo sapiens için "Hs" olarak ayarla.
topKEGG ile en zenginleştirilmiş ilk 20 KEGG yolunu görüntüle.

Uygulamalı interaktif egzersiz

Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.

# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]

# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)

# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)

Kodu Düzenle ve Çalıştır