p-değerlerinin histogramı

Testi uyguladıktan sonra, her karşıtlık (contrast) için p-değerlerinin dağılımını inceleyerek modelin doğru belirtildiğini doğrula. Çok az sayıda farklı eksprese gen içeren bir karşıtlık için p-değerlerinin uniform (düzgün) dağılım göstermesi, çok sayıda farklı eksprese gen içeren bir karşıtlık için ise sağa çarpık bir dağılım beklenir.

Bu egzersiz

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

kursunun bir parçasıdır

Kursu Görüntüle

Egzersiz talimatları

Uyarlanmış model nesnesi fit2 çalışma alanına yüklendi. limma paketi zaten yüklü.

"dox_wt" karşıtlığı için her genin özet istatistiklerini elde etmek üzere topTable kullan. Döndürülecek gen sayısını fit2'nin satır sayısına eşitle.
Aynısını "dox_top2b" ve "interaction" karşıtlıkları için tekrarla.
Üç karşıtlığın her biri için p-değerlerinin histogramını oluşturmak üzere hist kullan.

Uygulamalı interaktif egzersiz

Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.

# Obtain the summary statistics for the contrast dox_wt
stats_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                         sort.by = "none")
# Obtain the summary statistics for the contrast dox_top2b
stats_dox_top2b <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                            sort.by = "none")
# Obtain the summary statistics for the contrast interaction
stats_interaction <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                              sort.by = "none")

# Create histograms of the p-values for each contrast
___(stats_dox_wt[___])
___(stats_dox_top2b[___])
___(stats_interaction[___])

Kodu Düzenle ve Çalıştır