Zıtlıklar matrisi

Doksorubisinin, vahşi tip ve Top2b null farelerin kalpleri üzerindeki etkisini (ve tedavi ile genotip arasındaki herhangi bir etkileşimi) test etmek için, tasarım matrisindeki katsayıları birbiriyle karşılaştırman gerekiyor.

Bu egzersiz

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

kursunun bir parçasıdır

Kursu Görüntüle

Egzersiz talimatları

Doksorubisin verilerini içeren eset adlı ExpressionSet nesnesi ve design tasarım matrisi çalışma alanına yüklendi. limma paketi zaten yüklü.

Vahşi tip farelerde doksorubisin etkisini test etmek için dox_wt oluştur.
Top2b null farelerde doksorubisin etkisini test etmek için dox_top2b oluştur.
İki fare tipi arasında doksorubisine verilen yanıttaki farkları test etmek için bir etkileşim terimi oluştur (ipucu: dox_top2b ile dox_wt değerlerini karşılaştır).

Uygulamalı interaktif egzersiz

Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Kodu Düzenle ve Çalıştır