Zıtlıklar matrisi

Doksorubisinin, vahşi tip ve Top2b null farelerin kalpleri üzerindeki etkisini (ve tedavi ile genotip arasındaki herhangi bir etkileşimi) test etmek için, tasarım matrisindeki katsayıları birbiriyle karşılaştırman gerekiyor.

Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

Kursa Göz Atın

Egzersiz talimatları

Doksorubisin verilerini içeren eset adlı ExpressionSet nesnesi ve design tasarım matrisi çalışma alanına yüklendi. limma paketi zaten yüklü.

Vahşi tip farelerde doksorubisin etkisini test etmek için dox_wt oluştur.
Top2b null farelerde doksorubisin etkisini test etmek için dox_top2b oluştur.
İki fare tipi arasında doksorubisine verilen yanıttaki farkları test etmek için bir etkileşim terimi oluştur (ipucu: dox_top2b ile dox_wt değerlerini karşılaştır).

Uygulamalı etkileşimli egzersiz

Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Kodu Düzenle ve Çalıştır