Grup ortalamaları için diferansiyel ekspresyon testi

Artık tasarım matrisini ve kontrast matrisini belirlediğine göre, diferansiyel ekspresyonu test edebilirsin.

Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

Egzersiz talimatları

Lösemi verilerini içeren eset adlı ExpressionSet nesnesi, tasarım matrisi (design) ve kontrastlar matrisi (cm) çalışma alanına yüklendi.

Model katsayılarını lmFit ile uydur.
Kontrastları contrasts.fit ile uydur.
t-istatistiklerini eBayes ile hesapla.
Sonuçları decideTests ile özetle. Grup ortalamaları modelinde kesişim (intercept) terimi olmadığından, tedavi-kontrastları parametreleştirmesinde yaptığın gibi fit2 üzerinde alt kümeleme yapmana gerek yok.

Uygulamalı etkileşimli egzersiz

Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

Kodu Düzenle ve Çalıştır