2x2 faktöriyel için karşıtlıklar matrisi

2x2 faktöriyel bir düzende kurulabilecek birçok karşıtlık vardır. Her bir su koşulunda ağaç türleri arasındaki farkları, her bir ağaç için kuraklık tepkisindeki farkları ve iki ağaç türü arasında kuraklık tepkisindeki farkları (geleneksel olarak etkileşim etkisi olarak adlandırılır) test etmen gerekir.

Bu egzersiz

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

kursunun bir parçasıdır

Kursu Görüntüle

Egzersiz talimatları

Populus verileriyle eset adlı ExpressionSet nesnesi ve az önce oluşturduğun tasarım matrisi (design) çalışma alanına yüklendi.

Kuraklık koşulunda ağaç türünün (NM6 ve DN34) etkisini test etmek için type_drought oluştur.
DN34 ağaçlarında kuraklığın etkisini test etmek için water_dn34 oluştur.
İki ağaç türü arasında kuraklık tepkisindeki farkları test etmek için bir etkileşim terimi oluştur (ipucu: water_nm6 ve water_dn34 karşıtlıklarını kıyasla).

Uygulamalı interaktif egzersiz

Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
                    type_drought = ___ - ___,
                    water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
                    water_dn34 = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Kodu Düzenle ve Çalıştır