Varyasyon kaynaklarını kontrol et
Sırada, verideki varyasyon kaynaklarını kontrol etmek için temel bileşen analizi kullanman gerekiyor. Örnekler genotipe (WT ile Top2b null) ve uygulamaya (PBS ile Dox) göre kümeleniyor mu?
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi
Egzersiz talimatları
Doksorubisin verisine ait eset adlı ExpressionSet nesnesi çalışma alanına yüklendi. limma paketi zaten yüklü.
Temel bileşenleri çizdirmek için
plotMDSkullan. Örnekleri genotiplerine göre etiketle.Temel bileşenleri yeniden görselleştir; bu kez örnekleri uygulamalarına göre etiketle.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")