Varyasyon kaynaklarını kontrol et

Sırada, verideki varyasyon kaynaklarını kontrol etmek için temel bileşen analizi kullanman gerekiyor. Örnekler genotipe (WT ile Top2b null) ve uygulamaya (PBS ile Dox) göre kümeleniyor mu?

Bu egzersiz

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

kursunun bir parçasıdır

Kursu Görüntüle

Egzersiz talimatları

Doksorubisin verisine ait eset adlı ExpressionSet nesnesi çalışma alanına yüklendi. limma paketi zaten yüklü.

Temel bileşenleri çizdirmek için plotMDS kullan. Örnekleri genotiplerine göre etiketle.
Temel bileşenleri yeniden görselleştir; bu kez örnekleri uygulamalarına göre etiketle.

Uygulamalı interaktif egzersiz

Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.

# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")

# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")

Kodu Düzenle ve Çalıştır