Tasarım matrisi

Doksorubisin deneyi 2x2 faktöriyel bir tasarımdır, bu yüzden grup-ortalama parametreleştirmesinde kullanmak üzere birleşik bir değişken oluşturman gerekir.

Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

Kursa Göz Atın

Egzersiz talimatları

Doksorubisin verilerini içeren eset adlı ExpressionSet nesnesi çalışma alanına yüklendi.

genotype (WT vs. Top2b null) ve treatment (PBS vs. Dox) değişkenlerini tek bir faktör değişkende birleştir.
Kestirimi sıfır olan (kesişim/başlangıç terimi olmayan) bir tasarım matrisi oluşturmak için model.matrix kullan.

Uygulamalı etkileşimli egzersiz

Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.

# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)

# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)

# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)

Kodu Düzenle ve Çalıştır