Gen ontolojisi kategorileri
Önceki egzersizde, biyolojik yolakların zenginleşmesini test etmiştin. Şimdi, aynı biyolojik süreci etkilediği bilinen gen kümelerinde, yani gen ontolojisi (GO) kategorilerinde, zenginleşmeyi test edeceksin. Lösemi çalışmasındaki diferansiyel eksprese genlerde hangi GO kategorileri aşırı temsil ediliyor?
Bu egzersiz
R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi
kursunun bir parçasıdırEgzersiz talimatları
- Bölümdeki lösemi çalışmasının uyarlanmış model nesnesi
fit2çalışma alanına yüklendi. limma paketi zaten yüklü.
fit2$genesveri çerçevesinden Entrez Gen ID’lerini çıkar.goanaile zenginleşmiş GO kategorilerini test et. Türü Homo sapiens için"Hs"olarak ayarla.topGOile en zenginleşmiş ilk 20 GO kategorisini görüntüle. Biyolojik Süreçler’i döndürmek içinontologyargümanını"BP"olarak ayarla.
Uygulamalı interaktif egzersiz
Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)
# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)