2x2 faktöriyel için diferansiyel ekspresyon testi

Önceki örneklere göre daha fazla karşıtlık olsa da, limma ile diferansiyel ekspresyon testi hâlâ aynı işlem hattını kullanır.

Bu egzersiz

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

kursunun bir parçasıdır

Kursu Görüntüle

Egzersiz talimatları

Populus verilerini içeren eset adlı ExpressionSet nesnesi, tasarım matrisi (design) ve karşıtlıklar matrisi (cm) çalışma alanına yüklendi.

Model katsayılarını lmFit ile uydur.
Karşıtlıkları contrasts.fit ile uydur.
t-istatistiklerini eBayes ile hesapla.
Sonuçları decideTests ile özetle.

Uygulamalı interaktif egzersiz

Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

Kodu Düzenle ve Çalıştır