Volkan grafiği
Şimdi her bir karşıtlık için farklı ifade düzeyinin boyutunu, y ekseninde farklı ifade olasılığının log-olasılıklarını ve x ekseninde log kat değişimini gösteren bir volkan grafiği ile görselleştireceksin.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi
Egzersiz talimatları
Uydurulmuş model nesnesi fit2 çalışma alanına yüklendi. limma paketi zaten yüklü.
fit2$genesveri çerçevesinden gen sembollerine (symbol) eriş.3 karşıtlığın her biri için en iyi 5 geni öne çıkaran bir volkan grafiği oluştur.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)