Grup-ortalamaları modeli için tasarım matrisi
Önceki bölümde, lösemi verilerini geleneksel tedavi-karşıtlıkları parametreleştirmesini kullanarak farklı ifade için test etmiştin. Daha esnek grup-ortalamaları parametreleştirmesini öğrenmeye ilk adım olarak, aynı sonuçları elde ettiğini doğrulamak için lösemi verilerini yeniden test edeceksin.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi
Egzersiz talimatları
Lösemi verilerini içeren eset adlı ExpressionSet nesnesi çalışma alanına yüklendi.
model.matrixkullanarak kesişim (intercept) içermeyen bir tasarım matrisi oluştur. Bu çalışmada ilgi değişkeninin (ilerleyici vs. stabil kanserler) fenotip veri çerçevesininDiseasesütununda olduğunu unutma.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)