Farklı ifade için test et

Artık bir tasarım matrisi ve bir karşıtlıklar (contrasts) matrisi tanımladığına göre, iki tür farede doksorubisin tedavisinin neden olduğu farklı gen ifadesini test edebilirsin.

Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

Kursa Göz Atın

Egzersiz talimatları

Doksorubisin verilerini içeren ExpressionSet nesnesi eset, tasarım matrisi design ve karşıtlıklar matrisi cm çalışma alanına yüklendi. limma paketi zaten yüklü.

Model katsayılarını lmFit ile uydur.
Karşıtlıkları contrasts.fit ile uydur.
t-istatistiklerini eBayes ile hesapla.
Sonuçları decideTests ve vennDiagram ile özetle.

Uygulamalı etkileşimli egzersiz

Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

# Create a Venn diagram
___(results)

Kodu Düzenle ve Çalıştır