Grup ortalamaları için karşıtlık matrisi

Grup-ortalama parametreleştirmesini kullandığın için, limma iş akışında artık fazladan bir adım var. Katsayılar artık iki örneklem grubunun her biri için ortalama ifade düzeyini temsil ediyor; bu yüzden ilerleyici ve stabil lösemiler arasındaki farkı test etmek için özel bir karşıtlık belirtmen gerekiyor.

Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

Kursa Göz Atın

Egzersiz talimatları

Lösemi verilerini içeren eset adlı ExpressionSet nesnesi ve az önce oluşturduğun tasarım matrisi (design) çalışma alanına yüklendi.

İlerleyici ve stabil kanserler arasındaki ortalama ifade düzeyi farkını temsil eden status karşıtlığını tanımlamak için makeContrasts kullan.
Tasarım matrisi design'i levels bağımsız değişkenine geçir. Bu sayede design'in sütun adları (katsayılara karşılık gelen) karşıtlık tanımlarında kullanılabilir.

Uygulamalı etkileşimli egzersiz

Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm

Kodu Düzenle ve Çalıştır