Grup ortalamaları için karşıtlık matrisi

Grup-ortalama parametreleştirmesini kullandığın için, limma iş akışında artık fazladan bir adım var. Katsayılar artık iki örneklem grubunun her biri için ortalama ifade düzeyini temsil ediyor; bu yüzden ilerleyici ve stabil lösemiler arasındaki farkı test etmek için özel bir karşıtlık belirtmen gerekiyor.

Bu egzersiz

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

kursunun bir parçasıdır

Kursu Görüntüle

Egzersiz talimatları

Lösemi verilerini içeren eset adlı ExpressionSet nesnesi ve az önce oluşturduğun tasarım matrisi (design) çalışma alanına yüklendi.

İlerleyici ve stabil kanserler arasındaki ortalama ifade düzeyi farkını temsil eden status karşıtlığını tanımlamak için makeContrasts kullan.
Tasarım matrisi design'i levels bağımsız değişkenine geçir. Bu sayede design'in sütun adları (katsayılara karşılık gelen) karşıtlık tanımlarında kullanılabilir.

Uygulamalı interaktif egzersiz

Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm

Kodu Düzenle ve Çalıştır