2x2 faktöriyel için tasarım matrisi
Ağaç büyümesi üzerinde kuraklığın etkisini araştırmak için yapılan bu 2x2 faktöriyel deneyde, 2 farklı Populus ağacı türü 2 farklı su miktarıyla yetiştirilmiştir. Her grup için bir model katsayısı elde etmek amacıyla önce bu iki değişkeni birleştirmen gerekir.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi
Egzersiz talimatları
Populus verilerini içeren eset adlı ExpressionSet nesnesi çalışma alanına yüklendi.
type(ağaç türü) vewater(normal vs. kuraklık) değişkenlerini tek bir faktör değişkene birleştir.Kesişimsiz (interceptsiz) bir tasarım matrisi oluşturmak için
model.matrixkullan.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)