Yolak zenginleştirme
Doksorubisin çalışmasında diferansiyel eksprese genlerin etkisini daha iyi anlamak için, KEGG veritabanında derlenmiş bilinen biyolojik yolakların zenginleşmesini test edeceksin. "dox_wt" ve "interaction" karşıtlıkları için diferansiyel eksprese genlerde hangi KEGG yolakları aşırı temsil ediliyor?
Bu egzersiz
R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi
kursunun bir parçasıdırEgzersiz talimatları
Uyarlanmış model nesnesi fit2 çalışma alanına yüklendi. limma paketi zaten yüklü.
Entrez gen kimliklerini
fit2$genesveri çerçevesinden çıkar."dox_wt"karşıtlığı içinkeggaile zenginleşmiş KEGG yolaklarını test et. Türü Mus musculus için"Mm"olarak ayarla.topKEGGile en zenginleşmiş ilk 5 KEGG yolakını görüntüle."interaction"karşıtlığı için de aynı yolak zenginleştirme analizini tekrarla.
Uygulamalı interaktif egzersiz
Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)