Bir ExpressionSet nesnesi oluştur

Tek bir deney için 3 farklı veri kümesini yönetmek zahmetli ve hataya açık, özellikle de herhangi bir filtreleme yapman gerektiğinde. Lösemi deneyindeki 3 veri kümesini Bioconductor sınıfı ExpressionSet kullanarak tek bir nesnede birleştir.

Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

Kursa Göz Atın

Egzersiz talimatları

Ifade matrisi (x), özellik verileri (f) ve fenotip verileri (p) çalışma alanına yüklendi.

ExpressionSet fonksiyonunu kullanarak yeni bir ExpressionSet nesnesi oluştur.
İfade matrisini assayData argümanına geçir.
Fenotip veri çerçevesini phenoData argümanına geçir.
Özellik veri çerçevesini featureData argümanına geçir.

Uygulamalı etkileşimli egzersiz

Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.

# Load package
library(Biobase)

# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
                      phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
                      featureData = AnnotatedDataFrame(___))

# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)

Kodu Düzenle ve Çalıştır