2 grup arasında fark ifade testi

Artık bir ExpressionSet nesnesine ve bir tasarım matrisine sahip olduğuna göre, modelini limma ile kurup test edebilirsin.

Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır

R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi

Kursa Göz Atın

Egzersiz talimatları

Lösemi verilerini içeren eset adlı ExpressionSet nesnesi ve az önce oluşturduğun tasarım matrisi (design) çalışma alanına yüklendi.

Model katsayılarını lmFit ile uydur.
t-istatistiklerini eBayes ile hesapla.
Sonuçları decideTests ile özetle.
Sabit terimi (intercept) test etmek mantıklı olmadığından, decideTests çalıştırırken katsayı olarak "Diseasestable" belirt.

Uygulamalı etkileşimli egzersiz

Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)

# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)

Kodu Düzenle ve Çalıştır