2 grubu karşılaştırmak için bir doğrusal model belirt
Lösemi deneyi için diferansiyel eksprese genleri belirlemek üzere aşağıdaki doğrusal modeli R diline çevirmen gerekiyor:
Burada \(X_{1}\), ilerleyici kanserler için 1, stabil kanserler için 0’dır (not: R, temel koşulu alfabetik sıraya göre otomatik seçer).
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile limma kullanarak Diferansiyel Ekspresyon Analizi
Egzersiz talimatları
Lösemi verilerini içeren eset adlı ExpressionSet nesnesi çalışma alanına yüklendi.
model.matrixkullanarak bir kesme (intercept) katsayısı ve hastalık durumunu belirten bir katsayı içeren bir tasarım matrisi oluştur.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Create design matrix for leukemia study
design <- ___(~___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)