ยีนที่สร้างความแตกต่าง

การระบุ ChIP-seq peaks เป็นสิ่งที่มีประโยชน์ แต่ยังไม่เพียงพอที่จะบอกได้ว่าเกิดอะไรขึ้นภายในเซลล์ ในแบบฝึกหัดนี้ คุณจะได้เห็นตัวอย่างเบื้องต้นว่าสามารถใช้ genome annotations เพื่อตีความผลลัพธ์ ChIP-seq ได้อย่างไร มีการโหลด gene sets สองชุดเข้ามาใน R session ให้แล้ว ชุดแรกคือ ar_sets ซึ่งเป็นรายการยีนทั้งหมดที่เชื่อมโยงกับ peaks ในเนื้องอกปฐมภูมิและเนื้องอกที่ดื้อต่อการรักษา ส่วนชุดที่สองคือ db_sets ซึ่งเป็นชุดย่อยของชุดแรก ประกอบด้วยเฉพาะยีนที่เชื่อมโยงกับ peaks ที่แสดงหลักฐานของ differential binding ระหว่างสองเงื่อนไข

คุณจะใช้ฟังก์ชัน upset() จากแพ็กเกจ UpSetR เพื่อแสดงภาพความทับซ้อนระหว่าง gene sets ของตัวอย่างเนื้องอกปฐมภูมิและเนื้องอกที่ดื้อต่อการรักษา

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

ChIP-seq with Bioconductor in R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

ดู gene sets ทั้งหมดที่เก็บอยู่ในออบเจกต์ ar_sets
แสดงภาพความทับซ้อนระหว่างสองกลุ่มโดยใช้ฟังก์ชัน upset()
ดูยีนที่มี differential binding
แสดงภาพความทับซ้อนของ peaks ที่มี differential binding ระหว่างสองกลุ่มโดยใช้ฟังก์ชัน upset()

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Take a look at the full gene sets
print(___)

# Visualise the overlap between the two groups using the `upset` function
upset(fromList(___))

# Print the genes with differential binding
___(db_sets)

# Visualise the overlap of differentially bound peaks between the two groups using the `upset` function
___(fromList(___))

แก้ไขและรันโค้ด