เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

การ Fit โมเดล

ถึงเวลาแล้วที่จะดำเนินการวิเคราะห์ Differential Binding เพื่อค้นหาว่า Peak ใดมีความเข้มแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญระหว่างมะเร็งสองประเภท การรู้ว่า Peak ใดแตกต่างกันระหว่างกลุ่มจะเป็นพื้นฐานสำหรับการวิเคราะห์เพิ่มเติม เพื่อทำความเข้าใจกลไกเบื้องหลังที่ขับเคลื่อนความแตกต่างเหล่านี้ ในขั้นตอนนี้ มาดูวิธีค้นหา Peak ที่มีการจับแตกต่างกัน ฟังก์ชัน dba.analyze() จากไลบรารี DiffBind ช่วยให้ทำสิ่งนี้ได้ ในแบบฝึกหัดก่อนหน้า ได้กำหนด Contrast สำหรับการเปรียบเทียบระหว่างประเภทของมะเร็งไว้แล้ว เพียงเรียกใช้ dba.analyze() กับออบเจกต์ที่มี Contrast นั้น ก็สามารถดำเนินการส่วนที่เหลือได้ทันที

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

ChIP-seq with Bioconductor in R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • ตรวจสอบออบเจกต์ ar_binding เพื่อยืนยันว่ามี Contrast ที่ต้องการอยู่
  • รันการวิเคราะห์ Differential Binding
  • ตรวจสอบผลลัพธ์ที่ได้

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)

# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)

# Examine the result
print(___)
แก้ไขและรันโค้ด