เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

การตั้งค่าโมเดล

ก่อนที่จะรันการเปรียบเทียบระหว่างกลุ่มได้จริง จำเป็นต้องบอก DiffBind ก่อนว่าตัวอย่างแต่ละชิ้นอยู่ในกลุ่มใด วิธีที่ง่ายที่สุดคือใช้หมวดหมู่สำเร็จรูปที่ DiffBind กำหนดไว้ให้กับตัวอย่าง ซึ่งครอบคลุมการจัดกลุ่มที่ใช้บ่อย เช่น เงื่อนไข (condition) หรือเนื้อเยื่อ (tissue) ที่เกี่ยวข้องกับแต่ละตัวอย่าง สามารถระบุหมวดหมู่ที่ต้องการผ่านอาร์กิวเมนต์ categories โดยใช้ค่าคงที่อย่าง DBA_CONDITION และ DBA_TISSUE หน้า help ของ dba.contrast() มีรายการค่าคงที่ที่ใช้ได้ทั้งหมด

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

ChIP-seq with Bioconductor in R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • ตรวจสอบออบเจกต์ ar_binding
  • ระบุหมวดหมู่ที่ตรงกับเงื่อนไข Primary Tumor (primary) และ Treatment Resistant (TURP)
  • กำหนด contrast เพื่อเปรียบเทียบเนื้องอกทั้งสองประเภท
  • ตรวจสอบออบเจกต์ dba_peaks เพื่อยืนยันว่าได้เพิ่ม contrast เรียบร้อยแล้ว

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Examine the ar_binding object
print(___)

# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____

# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)

# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)
แก้ไขและรันโค้ด