การอ่านไฟล์ BAM

เริ่มต้นด้วยการอ่าน mapped reads จากไฟล์ BAM เข้าสู่ R ไฟล์เหล่านี้เก็บข้อมูลเกี่ยวกับการ alignment ระหว่างลำดับ read กับ reference genome ในรูปแบบไบนารีแบบบีบอัด การโหลดข้อมูลจากไฟล์ BAM เป็นงานที่พบบ่อยในการวิเคราะห์ข้อมูลจีโนม

ในแบบฝึกหัดนี้ จะเริ่มด้วยการโหลด reads ทั้งหมดจากไฟล์ BAM ซึ่งทำได้ง่าย แต่อาจใช้หน่วยความจำจำนวนมาก ดังนั้นในส่วนที่สอง จะเรียนรู้วิธีโหลดเฉพาะ reads จากบริเวณที่สนใจเท่านั้น

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

ChIP-seq with Bioconductor in R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

โหลด reads จากไฟล์ chr20_bam โดยใช้ฟังก์ชัน readGAlignments()
สร้างออบเจ็กต์ BamViews สำหรับ chr20_bam ที่ครอบคลุมบริเวณ 29805000 - 29820000 บนโครโมโซม 20
ใช้ readGAlignments() อีกครั้งเพื่อโหลดเฉพาะ reads ในบริเวณที่กำหนด
ตรวจสอบออบเจ็กต์ reads_sub โดยใช้ str()

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)

# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))

# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)

# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)

แก้ไขและรันโค้ด