เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

ข้อมูลการ Sequencing

หน่วยพื้นฐานของชุดข้อมูล ChIP-seq คือ sequencing read โดยทั่วไปชุดข้อมูลเต็มรูปแบบจะประกอบด้วย reads หลายล้านรายการ ซึ่งจัดเก็บอยู่ในไฟล์ BAM ในแบบฝึกหัดนี้ เราจะมาดูว่า reads ถูกแทนค่าอย่างไรใน R โดยใช้ reads จากบริเวณขนาดเล็กบนโครโมโซม 20

ข้อมูล reads ถูกโหลดเข้า R ให้แล้ว และถูกจัดเก็บในออบเจกต์ GAlignments ชื่อ reads ออบเจกต์ GAlignments มีความเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับ GenomicRanges ซึ่งอาจเคยพบมาแล้วในคอร์ส Bioconductor เบื้องต้น นี่เป็นโอกาสดีที่จะทบทวนวิธีการทำงานกับออบเจกต์ประเภทนี้

จำไว้ว่า Bioconductor มีฟังก์ชัน accessor เพื่อให้การดึงข้อมูลทำได้ง่ายขึ้น ตัวอย่างเช่น start() จะดึงค่าพิกัดเริ่มต้นของ reads ทั้งหมด

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

ChIP-seq with Bioconductor in R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • พิมพ์ออบเจกต์ reads เพื่อดูข้อมูลสรุปของข้อมูล
  • ดึงตำแหน่งเริ่มต้นของ read แรก
  • ดึงตำแหน่งสิ้นสุดของ read สุดท้าย
  • หาจำนวน reads ที่ครอบคลุมแต่ละตำแหน่งในบริเวณที่เลือก กล่าวคือ คำนวณค่า coverage ของ reads โดยใช้ฟังก์ชันที่มีชื่อเดียวกัน

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Print the 'reads' object to obtain a summary of the data
print(___)

# Get the *start* position of the first read
start_first <- ___(reads)[1]

# Get the *end* position of the last read
end_last <- ___(___)[length(___)]

# Compute the number of reads covering each position in the selected region
cvg <- ___
แก้ไขและรันโค้ด