เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

Peak calls

Reads กระจายอยู่ทั่วทั้งจีโนม แต่บริเวณที่โปรตีนเป้าหมายจับอยู่จะดึงดูด reads ที่ทับซ้อนกันจำนวนมาก ส่งผลให้เกิด peaks ในค่า coverage โดยทั่วไป peaks เหล่านี้จะถูกบันทึกพร้อมกับพิกัดจีโนมและค่าคะแนนที่แสดงความเข้มของสัญญาณที่ตรวจพบ

ชุดข้อมูล peak calls ถูกโหลดเข้าสู่ R ไว้ให้แล้ว โดยเก็บอยู่ในออบเจกต์ GenomicRanges ชื่อ peaks นอกจากฟังก์ชันทั่วไปสำหรับเข้าถึงข้อมูลใน GenomicRanges แล้ว ยังมีฟังก์ชันอำนวยความสะดวก 2 ตัวสำหรับ peak calls ได้แก่ ฟังก์ชัน chrom สำหรับดึงข้อมูลโครโมโซมที่ peak อยู่ และฟังก์ชัน score สำหรับดึงค่าคะแนนของ peak นั้น

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

ChIP-seq with Bioconductor in R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • แสดงสรุปข้อมูลของ peaks
  • ใช้ฟังก์ชัน score() เพื่อหา index ของ peak ที่มีคะแนนสูงสุด
  • ดึงพิกัดจีโนมของ peak ที่มีคะแนนสูงสุดโดยใช้ฟังก์ชัน chrom() และ ranges()

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)

# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))

# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___
แก้ไขและรันโค้ด