สรุปความแตกต่างในการจับโปรตีน
กราฟสุดท้ายของ differentially bound peaks ในบทเรียนนี้คือ box plot ซึ่งเหมาะสำหรับสรุปการกระจายตัวของความเข้มของ peak ในแต่ละตัวอย่าง DiffBind มีฟังก์ชัน dba.plotBox() สำหรับวัตถุประสงค์นี้ Box plot แสดงตำแหน่งของค่ามัธยฐานในกลุ่มต่าง ๆ รวมถึงการกระจายของข้อมูลรอบ ๆ ค่านั้น กราฟที่ DiffBind สร้างขึ้นจะเปรียบเทียบสองกลุ่มหลัก (เนื้องอกปฐมภูมิและเนื้องอกที่ดื้อต่อการรักษา) รวมถึงกลุ่มย่อยที่ประกอบด้วย differentially bound peaks นอกจากกราฟแล้ว dba.plotBox() ยังส่งคืนค่า p-value สำหรับการเปรียบเทียบแบบคู่ระหว่างกลุ่มเหล่านี้ด้วย
เช่นเดิม ผลลัพธ์ของการวิเคราะห์ differential binding มีให้ใช้งานในชื่อตัวแปร ar_diff
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
ChIP-seq with Bioconductor in R
คำแนะนำการฝึกหัด
- สร้าง box plot ของความเข้มของ peak
- ตรวจสอบค่า p-value ที่ได้รับ — ชุด peak ใดบ้างที่แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญ?
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)