Volcano plot
Volcano plot แสดงความสัมพันธ์ระหว่างความแตกต่างระหว่างกลุ่ม (แสดงในรูปของ log fold change) กับ p-value จากการทดสอบเปรียบเทียบความเข้มของพีค ซึ่งช่วยให้เห็นภาพรวมของผลลัพธ์ที่มีนัยสำคัญทางสถิติพร้อมกับขนาดของผลกระทบ DiffBind มีฟังก์ชัน dba.plotVolcano() สำหรับสร้างกราฟประเภทนี้
ออบเจกต์ ar_diff เก็บผลลัพธ์จากการวิเคราะห์ differential binding ไว้แล้ว
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
ChIP-seq with Bioconductor in R
คำแนะนำการฝึกหัด
- สร้าง volcano plot
- สังเกตกราฟที่ได้ ผลลัพธ์ที่มีนัยสำคัญอยู่บริเวณใด?
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Create a volcano plot
___(ar_diff)