การพล็อตบริเวณจีโนมในรายละเอียด
ถึงตาคุณแล้วที่จะพล็อตบริเวณจีโนมด้วย Gviz ข้อมูลทั้งหมดในแบบฝึกหัดนี้มาจากโครโมโซม 20 ของตัวอย่างเดียว ideogram ของโครโมโซม 20 ถูกสร้างไว้ให้แล้วและอยู่ในตัวแปร ideogram reads ที่ถูก map แล้วได้รับการแปลงเป็นข้อมูล coverage เรียบร้อยแล้ว ข้อมูลนี้พร้อมใช้งานในรูปแบบออบเจ็กต์ GRanges ที่ชื่อว่า cover_ranges ส่วน peak calls ในบริเวณที่จะพล็อตถูกเก็บไว้ในออบเจ็กต์ peak_calls
อาจใช้เวลาสักครู่ในการโหลดข้อมูลและแพ็กเกจ R ที่จำเป็นสำหรับแบบฝึกหัดนี้ กรุณารอสักครู่
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
ChIP-seq with Bioconductor in R
คำแนะนำการฝึกหัด
- สร้าง annotation track สำหรับ peak calls
- สร้าง data track สำหรับ read coverage
- แสดงผลพล็อต โดยเรียงจากบนลงล่างตามลำดับ ได้แก่ ideogram, coverage track, track ของ peak calls และแกนแสดงตำแหน่งจีโนม
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)