การคำนวณ Coverage

ถึงเวลาขยาย reads ให้มีความยาวเท่ากับความยาวเฉลี่ยของ fragment เพื่อให้ได้ค่าประมาณ coverage ที่แม่นยำยิ่งขึ้น การขยาย reads ช่วยให้สามารถรวม reads จากทั้งสองปลายของ fragment เข้าเป็น coverage peak เดียว ซึ่งช่วยแยกแยะ peak ออกจาก background noise ได้ชัดเจนขึ้น ไฟล์ BAM สำหรับตัวอย่าง GSM1598218 ถูกโหลดไว้ให้แล้ว ความยาวเฉลี่ยของ fragment สำหรับตัวอย่างนี้คือ 183 bp โดย reads พร้อมใช้งานในรูปแบบอ็อบเจกต์ GRanges ชื่อ reads_gr

อาจใช้เวลาสักครู่ในการโหลดข้อมูลและแพ็กเกจ R ที่จำเป็น กรุณารอสักครู่

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

ChIP-seq with Bioconductor in R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

ขยาย reads ให้มีความยาวเท่ากับความยาวเฉลี่ยของ fragment
คำนวณ coverage ของ fragment

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)

# Compute coverage
cover <- ___(___)

แก้ไขและรันโค้ด