เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

การ Annotate Peaks

ในแบบฝึกหัดก่อนหน้า คุณได้สร้างตารางของ peak call ที่รวมมาจากทุกตัวอย่าง (ใช้งานได้ที่นี่ในชื่อ peaks_merged) และตารางที่มีข้อมูล annotation ของยีน (ใช้งานได้ในชื่อ human_genes) ถึงเวลาแล้วที่จะรวมข้อมูลจากทั้งสองตารางเข้าด้วยกันโดยใช้ฟังก์ชัน annoPeaks() จากแพ็กเกจ ChIPpeakAnno สำหรับแต่ละ peak ที่อยู่ใกล้กับตำแหน่งเริ่มต้นของยีนมากพอ (ตามที่กำหนดโดย argument bindingRegion) ฟังก์ชันนี้จะคืนค่าข้อมูลรายละเอียดเกี่ยวกับยีนนั้นในรูปแบบ data frame ซึ่งรวมถึงคอลัมน์ insideFeature ที่บ่งบอกว่า peak อยู่ที่ตำแหน่งใดเมื่อเทียบกับยีน

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

ChIP-seq with Bioconductor in R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • Annotate peaks โดยใช้ยีนที่อยู่ใกล้ที่สุด
  • ระบุจำนวน peak ที่ได้รับการ annotate กับยีน
  • สร้างตารางสรุปที่แสดงตำแหน่งของ peak เทียบกับยีน

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Annotate peaks with closest gene
peak_anno <- ___(peaks_merged, human_genes, bindingType="startSite", bindingRegion=c(-5000,5000))

# How many peaks were found close to genes?
length(___)

# Where are peaks located relative to genes?
table(peak_anno$___)
แก้ไขและรันโค้ด