เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

ทำความเข้าใจผลกระทบต่อ pathway

Pathway เป็นอีกวิธีที่มีประโยชน์ในการจัดกลุ่มยีน ในแบบฝึกหัดนี้ จะวิเคราะห์ผลลัพธ์จากการวิเคราะห์ pathway enrichment ที่พิจารณา peak ซึ่งมีความโดดเด่นในกลุ่มตัวอย่าง primary tumor ออบเจกต์ enrich_primary เก็บผลลัพธ์เหล่านี้ไว้ โดยเป็น list ที่มี 4 รายการ สิ่งที่สนใจหลักในขั้นตอนนี้คือ results ซึ่งเป็น data frame ของผลลัพธ์ enrichment ที่เรียงลำดับตามนัยสำคัญทางสถิติ ประกอบด้วย ID และชื่อของ gene set รวมถึงยีนที่เกี่ยวข้องกับ peak ที่เป็นส่วนหนึ่งของ gene set นั้น โดยยีนจะแสดงในรูปแบบ Entrez ID สามารถใช้ฐานข้อมูลจากแพ็กเกจ org.Hs.eg.db เพื่อแปลงระหว่าง Entrez ID และ gene symbol ได้ ฟังก์ชัน select() เป็นอินเทอร์เฟซที่ใช้งานสะดวก สำหรับเลือกรายการจากคอลัมน์ SYMBOL โดยใช้ประเภทคีย์ ENTREZID

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

ChIP-seq with Bioconductor in R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • ตรวจสอบ gene set อันดับต้น
  • ดึง gene ID ของ set ที่ติดอันดับสูงสุด
  • แยก gene ID ออกเป็น vector
  • แปลง gene ID เป็น gene symbol

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Examine the top gene sets
head(___$results)

# Extract the gene IDs for the top ranking set
genes <- ___$___$Geneset.Peak.Genes[1]

# Split gene IDs into a vector
gene_ids <- strsplit(___, ', ')[[1]]

# Convert gene IDs to gene symbols
gene_symbol <- select(org.Hs.eg.db, keys=___, columns="___", keytype="___")

# Print the result
___(gene_symbol)
แก้ไขและรันโค้ด