พีคไหนที่แตกต่างกัน?
มาดูกันว่าตัวอย่างต่าง ๆ มีความแตกต่างกันมากน้อยเพียงใดในแง่ของ peak calls โดยใช้ merged peaks ที่เคยทำงานด้วยมาก่อน — มีพีคกี่พีคที่ปรากฏร่วมกันระหว่างตัวอย่างต่าง ๆ?
กราฟประเภทหนึ่งที่ตอบคำถามนี้ได้คือ Venn diagram ซึ่งสร้างได้โดยตรงจากออบเจกต์ DBA ด้วยฟังก์ชัน dba.plotVenn() อีกทางเลือกหนึ่งคือ UpSet plot ที่สร้างได้ด้วยแพ็กเกจ UpSetR โดยแทนที่วงรีของ Venn diagram ด้วยชุดกราฟแท่งที่แสดงขนาดของ subset ต่าง ๆ ฟังก์ชัน upset() ต้องการ data frame ที่มีหนึ่งคอลัมน์ต่อหนึ่งเซต (กล่าวคือ ตัวอย่าง) เพื่อระบุการเป็นสมาชิกของแต่ละพีค ข้อมูลที่จำเป็นอยู่ในฟิลด์ called ของออบเจกต์ ar_diff
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
ChIP-seq with Bioconductor in R
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Create Venn diagram
___(ar_diff, mask=1:4)