ทบทวน PCA และ Heat map
เมื่อระบุความแตกต่างหลักระหว่างตัวอย่างได้แล้ว ก็สามารถสร้างกราฟชุดใหม่เพื่อเปรียบเทียบตัวอย่างเหล่านั้นได้ กราฟชุดนี้จะคล้ายกับที่ดูไปก่อนหน้า แต่คราวนี้จะใช้เฉพาะ differentially bound peaks เท่านั้น ซึ่งช่วยลด noise ในกราฟและเน้นให้เห็นความแตกต่างได้ชัดเจนขึ้น ฟังก์ชันพล็อตของ DiffBind มีอาร์กิวเมนต์ contrast ที่ช่วยให้ระบุได้ว่าจะใช้การเปรียบเทียบใดในการเลือก peaks สำหรับการพล็อต ในแบบฝึกหัดนี้ จะได้เปรียบเทียบกราฟดั้งเดิมกับกราฟที่ผ่านการปรับปรุงแล้ว
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
ChIP-seq with Bioconductor in R
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Create a PCA plot using all peaks
___(ar_diff, DBA_CONDITION)